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首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见病例时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断疾病的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该疾病的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔A型、B型，HER-2阳性型，基底样型。

目前，我国已稳定开展的分子病理技术主要有显色原位杂交、荧光原位杂交、PCR、荧光定量PCR、基因芯片和DNA测序技术。显色原位杂交(chromogenicinsituhybridization，CISH)技术是分子生物学、组织化学及细胞学相结合产生的一门新兴技术，是利用核酸分子单链间碱基互补的原理，将地1高辛或生物素标记的外源核酸探针与组织、细胞或染色体上待测DNA或RNA互补配对，结合成双链杂交分子，通过过氧化物酶或碱性磷酸酶的呈色反应将待测核酸在组织、细胞或染色体上的位置显示出来。根据探针种类不同可分为DNA原位杂交和RNA原位杂交。

原位杂交是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精1确定量定位的过程。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。

原位杂交的特点是杂交在显微镜载玻片上中期染色体标本上进行。所谓原位即指标本上DNA原位变性，在利用放1射性或非放1射性标记的已知核酸探针杂交后，通过放1射自显影或非放1射性检测体系来检测染色体上特异DNA或RNA顺序，可用放1射性颗粒在某条染色体的区带出现的频率或荧光的强弱来确定探针的位置，从而进行准确的基因定位。

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