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首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见病例时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断疾病的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该疾病的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔A型、B型，HER-2阳性型，基底样型。

荧光定量PCR(realtimePCR)技术是近几年基于普通PCR技术发展的一种新技术。它借助荧光信号来检测PCR产物，通过荧光染料或荧光标记的特异探针，对PCR产物进行标记跟踪，在扩增过程中，每经过一次循环，荧光定量PCR仪就会收集一次荧光信号，实时检测整个PCR进程。用荧光定量PCR法检测目的基因仅需检测样本是否具有扩增信号即可，且PCR反应具有核酸扩增的高1效性，可检测出微小突变。根据探针标记不同可分为TaqMan探针法和AＲMS法。

分子病理学在蛋白质和核酸等生物大分子水平上，应用分子生物学理论、技术及方法研究疾病发生L发展的过程，从而为传统的病理学注入了生机。在如今的临床病理诊断过程中，运用核酸原位杂交、PCR技术、免1疫荧光、免1疫组织化学染色等技术，能够更加深化对疾病的本质认识，对于肿1瘤的诊断和治1疗也有着临床的指导意义。分子病理学诊断主要应用于以下几个方面：1、对于肿1瘤易感基因的检测，对于肿1瘤高危人群的筛检具有实用价值，如检测GSTπ基因以判定个体暴露于致癌物是的致癌危险性。2、肿1瘤相关病毒的检测，如采用原位杂交方法检测标本中HPV、EBER等病毒。

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