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染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。
适用场景
1、高灵敏度地检测蛋白-蛋白的交互作用；
2、寻找在蛋白-蛋白交互作用中起关键作用的结构域或活性位点；
3、寻找与靶蛋白相互作用的新蛋白；
4、寻找具有药1物治1疗作用的小分子多肽；
5、寻找调控蛋白质相互作用的化合物；
6、绘制蛋白质相互作用图谱。
酵母双杂交技术的优点
1、无需纯化蛋白；
2、检测在活1细胞内进行，可以在一定程度上代表体内的真实情况；
3、检测的结果是基因表达产物的积累效应，因而可检测存在于蛋白质之间的微弱的或暂时的相互作用；
4、酵母双杂交系统可采用不同组织、器1官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库，并能分析细胞质、细胞核等多种亚细胞部位的蛋白。
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