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杂交结束后，去除杂交液，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，轻轻振摇5分钟，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜两次，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景很高或实验要求严格的洗膜条件，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。
把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。
用第二张保鲜膜盖住滤膜。加X片并加上增感屏于-70℃曝光12-16小时。
底片显影后，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。
适用场景
1、高灵敏度地检测蛋白-蛋白的交互作用；
2、寻找在蛋白-蛋白交互作用中起关键作用的结构域或活性位点；
3、寻找与靶蛋白相互作用的新蛋白；
4、寻找具有药1物治1疗作用的小分子多肽；
5、寻找调控蛋白质相互作用的化合物；
6、绘制蛋白质相互作用图谱。
酵母双杂交技术的优点
1、无需纯化蛋白；
2、检测在活1细胞内进行，可以在一定程度上代表体内的真实情况；
3、检测的结果是基因表达产物的积累效应，因而可检测存在于蛋白质之间的微弱的或暂时的相互作用；
4、酵母双杂交系统可采用不同组织、器1官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库，并能分析细胞质、细胞核等多种亚细胞部位的蛋白。
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