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TEM常见的操作模式是亮场成像模式。在这一模式中,经典的对比度信息根据样品对电子束的吸收所获得。样品中较厚的区域或者含有原子数较多的区域对电子吸收较多,于是在图像上显得比较暗,而对电子吸收较小的区域看起来就比较亮,这也是亮场这一术语的来历。图像可以认为是样品沿光轴方向上的二维投影,而且可以使用比尔定律来近似。对亮场模式的更复杂的分析需要考虑到电子波穿过样品时的相位信息。

如前所述,通过调整磁透镜使得成像的光圈处于透镜的后焦平面处而不是像平面上,就会产生衍射图样。对于单晶体样品,衍射图样表现为一组排列规则的点,对于多晶或无定形固体将会产生一组圆环。对于单晶体,衍射图样与电子束照射在样品的方向以及样品的原子结构有关。通常仅仅根据衍射图样上的点的位置与观测图像的对称性就可以分析出晶体样品的空间群信息以及样品晶体方向与电子束通路的方向的相对关系。

在扫描电镜中,入射电子束在样品上的扫描和显像管中电子束在荧光屏上的扫描是用一个共同的扫描发生器控制的。这样就保证了入射电子束的扫描和显像管中电子束的扫描完全同步,保证了样品上的“物点”与荧光屏上的“象点”在时间和空间上一一对应,称其为“同步扫描”。一般扫描图象是由近100万个与物点一一对应的图象单元构成的,正因为如此,才使得扫描电镜除能显示一般的形貌外,还能将样品局部范围内的化学元素、光、电、磁等性质的差异以二维图象形式显示。